1、赤灣站（原蛇口西站）：位于平南鐵路蛇口西站疏港路西側，赤灣山和小南山之間的赤灣村片區，赤灣六路和港航路北側的倉儲地塊內，設置在垂直于港航路北側的規劃路下，基本呈南北向布置。本站為2號線的起點站，與規劃5號線（環中線）西延線換乘，為地下兩層11米島式站臺車站，總建筑面積為14900平方米。

2、蛇口港站（原蛇口客運港站）：位于南山蛇口客運港的北邊，港灣大道的南側，南側是碼頭露天貨棧和蛇口港公交廣場。車站為地下兩層10 米島式站臺車站，總建筑面積為10550平方米。

3、海上世界站：位于興華路與太子路交叉路口北，沿太子路設置大致呈南北走向，東側是金融中心，西側是太子廣場。本站與規劃10號線車站平行通道換乘，為地下兩層10 米島式站臺車站，總建筑面積為11000平方米。

4、水灣站（原南水路站）：位于太子路與水灣路交叉路口的西側，沿太子路正下方平行設置，北側是水灣村，南側為水灣市場等。車站為地下兩層10 米島式站臺車站，總建筑面積為10000平方米。

5、東角頭站（原東港路站）：位于蛇口新街與灣廈路十字交叉路口，蛇口新街路下跨十字路口設置，呈東西走向布置。車站為地下兩層10 米島式站臺車站，總建筑面積為10400平方米。

6、灣廈站（原招商東路站）：位于后海濱路和招商東路交接處后海濱路的下方，呈南北走向布置。車站為地下兩層雙島式站臺車站，每個島式站臺寬度8.5 米，總建筑面積為22800平方米。

7、海月站（原工業八路站）：位于后海濱路與工業八路交叉路口的后海濱路下，沿后海濱路南北向布置。車站為地下兩層10 米島式站臺車站，總建筑面積為10500平方米。

8、登良站（原登良路站）：位于后海濱路與登良路交接的后海濱路下方，呈南北走向布置。車站為地下兩層10 米島式站臺車站，總建筑面積為11100平方米。

9、后海站（原南山商業中心站）：位于后海濱路與南山后海中心區的二層商業步道交叉路口下，沿后海濱路呈南北走向布置。車站為地下兩層11 米島式站臺車站，總建筑面積為14800平方米。

10、科苑站（原科技園站）：位于高新南十道街，科苑南路東側，沿高新南十道呈東西走向布置，與規劃15號線換乘。車站為地下兩層10 米島式站臺車站，總建筑面積為21900平方米。

11、紅樹灣站（原沙河東站）：位于深灣一路與白石三道十字交叉路口以東，白石三道路下，呈東西走向布置。車站為地下兩層10 米島式站臺車站，總建筑面積為11800平方米。

12、世界之窗站：位于深南大道與1號線（羅寶線）世界之窗站交叉處，橫穿深南大道，大致呈南北走向布置，與1號線換乘。車站為地下三層側式站臺車站，總建筑面積為9700平方米。

13、僑城北站：位于僑香路路中，中航沙河工業區南側。車站為地下兩層10 米島式站臺車站，總建筑面積為10300平方米。